Seit 2006/07 ist die Stiftsschule die erste Bonner Grundschule mit einem zweisprachigen deutsch-spanischen Angebot für die b-Klassen. Es richtet sich sowohl an Kinder mit Spanisch als Herkunftssprache als auch an deutschsprachige Schülerinnen und Schüler, welche die spanische Sprache lernen möchten. Kinder mit Spanisch als Herkunftssprache sollen sich am Ende der Grundschulzeit altersgemäß in beiden Sprachen in Wort und Schrift ausdrücken können. Die andere Gruppe soll die wichtigsten Grundlagen der spanischen Sprache beherrschen (Niveau A2 des gemeinsamen europäischen Referenzrahmens für Sprachen).

Die Fächer música und biblioteca werden ausschließlich in Spanisch unterrichtet. Sachunterricht wird in der ersten Klasse von zwei Lehrkräften bilingual zweimal wöchentlich unterrichtet; in der 2. Klasse einmal im bilingualen Team, einmal auf Deutsch; in der 3. Klasse einmal im bilingualen Team, einmal auf Spanisch; und in der 4. Klasse zweimal auf Spanisch.

Darüber hinaus findet in der ersten Klasse eine der beiden Sportstunden zweisprachig statt. Für den Spanisch Unterricht werden die Kinder in zwei Gruppen aufgeteilt: die Gruppe der Kinder mit Spanisch als Herkunftssprache und die Gruppe der Kinder, die Spanisch neu lernen. Diese Gruppen werden nach unterschiedlichen Kriterien unterrichtet und bewertet. Als staatliche Grundschule werden die Kinder nach Lehrplänen des Landes NRW unterrichtet.

Neben der Mehrsprachigkeit eröffnen bilinguale Klassen Möglichkeiten erfolgreicher kultureller Integration und Interaktion.